Audiencias
Era la institución que tenía como finalidad principal la administración de justicia, aunque se encargaban también de tareas de gobierno. El propio virrey era el jefe de la audiencia de la capital del virreinato, pero en las otras audiencias había una autoridad que era el Capitán General.
Las audiencias eran también demasiado grandes, por lo que hubo que dividir el territorio de cada audiencia en provincias, a cuyo mando había un corregidor.

Se partió de buenas intenciones para la organización del territorio americano, pero hubo muchos inconvenientes para el buen funcionamiento de las instituciones que se crearon. La propia distancia entre España y América o las grandes distancias dentro del propio continente americano hacían difícil la ejecución de las órdenes emanadas en el reino de Castilla. Por otra parte, las dificultades financieras de los monarcas les llevaron a transgredir sus propios planes, y el mejor ejemplo es el de Felipe II, que vendió cargos y tierras en América en contra de lo que habían sido los principios fundamentales.

La legislación para la organización del territorio americano fue muy importante. Cabría destacar las Ordenanzas sobre el buen tratamiento de los indios (1525), las Leyes Nuevas (1543) y las Ordenanzas de nuevos descubrimientos (1573).