La política interior del monarca estuvo en buena medida relacionada con su política exterior, de manera que a veces es difícil distinguir a una de otra. En la política interior vamos a considerar los problemas esenciales que afectaron al monarca y su forma de resolverlos, lo que explica las líneas esenciales de actuación de la Monarquía hispánica de su tiempo. Por otra parte, su actuación estuvo dentro de las líneas organizativas que distinguen la monarquía de los Austrias.

Los asuntos esenciales de política interior fueron: la herencia del reino, la sublevación de los moriscos y el recorte de los Fueros de Aragón. Mención especial merece el tema de la unidad ibérica al haber conseguido la anexión de Portugal.