Los castellanos, tan deseosos de recibir al nuevo monarca, no solo no pudieron comunicarse con él en un principio, sino que pronto Carlos tuvo que abandonar Castilla, primero para convencer a los catalanes que le aceptaran como rey, y luego para ocuparse de la elección imperial. Para pagar la enorme cantidad de dinero que le costó ser elegido solicitó subsidios de los castellanos.

La petición de subsidios la realizó en las cortes de Santiago de Compostela, donde muchos de los representantes de las ciudades no quisieron entregarle la cantidad solicitada. Como no había conseguido la cantidad que necesitaba, el rey volvió a reunir las cortes unos meses después, esta vez en La Coruña.

El descontento de los castellanos por la partida del rey hacia Alemania, se convirtió en clara hostilidad. Comenzó la revuelta de las comunidades. Algunas ciudades castellanas u otras localidades grandes, Toledo, Segovia, Salamanca, Zamora, Ávila, Medina del Campo, Toro, etc. dirigidas por los llamados comuneros de Castilla organizaron un ejército que se enfrentó al ejército real en la batalla de Villalar (23 de abril de 1521). La derrota de los comuneros, y la decapitación de sus tres cabecillas más conocidos, Padilla, Bravo y Maldonado, puso fin al movimiento comunero, aunque Toledo resistiera unos meses más.

Junto al problema de las Comunidades, el rey Carlos tuvo que enfrentarse a otro problema interior, el de las Germanías.