Felipe II había sido advertido por su padre de la dificultad de gobernar en Aragón, “por causa de la naturaleza de sus privilegios y fueros y porque su desobediencia, no mayor que en otras partes, es más difícil de perseguir y castigar”.

El rey gobernaba Aragón mediante el virrey y el Consejo de Aragón. Los cargos de virrey y de consejeros los podía elegir el monarca, aunque tenía que seguir la norma de que los cargos de Aragón eran para los aragoneses, bien es verdad que como aragoneses podía nombrar también a catalanes y valencianos. Había, sin embargo, otro organismo muy poderoso en cuyos nombramientos el rey no intervenía: las Cortes, y un tribunal, el del Justicia de Aragón, que ejercía la jurisdicción civil y criminal.

La situación de Aragón se complicó en torno al año 1590, por dos motivos fundamentales: el nombramiento de un virrey no aragonés que hizo poner el grito en el cielo a los aragoneses porque consideraban que estaban perdiendo sus Fueros, y por el problema de Antonio Pérez, el Secretario de Estado de Felipe II, perseguido por el rey por estar involucrado e involucrar al rey en un asesinato.

Antonio Pérez se escapó de la cárcel de Madrid y huyó a Zaragoza, donde estuvo arrestado en la cárcel del Justicia de Aragón, “la prisión de la libertad”, como el propio Pérez decía.

Como los Fueros de Aragón y la cárcel del Justicia protegían a Antonio Pérez, el rey reclamó que le pasaran a la cárcel del único tribunal sobre el que no tenían jurisdicción ni los Fueros de Aragón ni el Justicia, la de la Inquisición. Fue en el momento en que se producía el traslado de una cárcel a otra cuando se produjo un gran tumulto en la ciudad de Zaragoza, cuyo resultado fue herir de muerte al virrey y devolver a Pérez a la cárcel del justicia. Los partidarios de Pérez pensaban incluso en separar Aragón de la monarquía hispánica.

El ejército real entró en Aragón y aunque la resistencia no fue importante, sí lo fue la represión a los rebeldes. Esa dura represión no se repitió en el campo político, pues Felipe II mantuvo los Fueros de Aragón, aunque introdujo algunos cambios que le convenían: el derecho a nombrar a un “virrey extranjero”, es decir, no aragonés, el control de los miembros del tribunal de Justicia, el Justicia de Aragón pudo ser destituible de acuerdo con los intereses de la corona.