Ante estas reformas del cristianismo que separaban de la obediencia de la Iglesia católica romana a millares de cristianos, ésta reaccionó e inició un movimiento de renovación imprescindible para frenar los progresos del protestantismo. Esta renovación se la denomina reforma católica o contrarreforma. Sus líneas de actuación podrían resumirse en los siguientes puntos:

• reforma y creación de órdenes religiosas durante la primera mitad del siglo XVI, de las que son buenos ejemplos la reformadora del Carmelo, Santa Teresa de Jesús, y el fundador de la Compañía de Jesús o jesuitas, San Ignacio de Loyola.
  
  
• organización de medidas represivas contra los herejes, considerados como tales los que no seguían los dogmas católicos. Se pueden destacar dos medidas esenciales: la primera el impulso de la Inquisición, para perseguir y castigar a los ya convertidos al protestanrtismo; la segunda la creación de la Congregación del Indice, grupo encargado de seleccionar los libros que se consideraban peligrosos para los católicos y cuya lectura se prohibía, con ello se buscaba que no cayeran en el protestantismo los que aún estaban firmamente asentados en la doctrina católica.
  
  
• convocatoria de un concilio en Trento (Italia, 1545-1563). A pesar de que había un gran interés por convocar un concilio, y se había venido pidiendo especialmente por los príncipes alemanes y por Carlos I, se tardó mucho en convocar, y se tardó mucho en llegar a conclusiones, pues fue el concilio más largo de la historia de la Iglesia. Los aspectos fundamentales que se trataron fueron aquellos que habían sido un desafío por parte de los protestantes, en concreto en las líneas doctrinales, de culto y de organización. En lo referente a la doctrina la Iglesia se reafirmó en sus principios; en lo referente al culto se mantuvo prácticamente igual, y solo se observan algunas modificaciones en lo referente a la educación y disciplina de las jerarquías eclesiásticas: se obligaba a los sacerdotes a practicar una vida ejemplar y a mantener el celibato, se obligaba a los obispos a residir en sus diócesis y a los sacerdotes en sus parroquias, algo que no hacían previamente, y se crearon los seminarios para la educación del clero.