Otra separación provocada por la crisis de 1640 fue la de Portugal. La unión no había sido nunca muy popular en Portugal, solo las clases más elevadas habían tenido la esperanza de sacar provecho de estar en una monarquía poderosa. Sin embargo, según fueron pasando los años se dieron cuenta de que esa unión con la Monarquía hispánica no les reportaba ningún beneficio. De hecho los portugueses vieron la pérdida de algunos de sus territorios coloniales por las acometidas de los holandeses. Reprochaban al rey no haber hecho los esfuerzos necesarios para defenderlo.

Cuando comenzó el movimiento secesionista en Portugal, el rey Felipe IV estaba completamente desprevenido. Habían descuidado el frente de Portugal para ocuparse de Cataluña, y no habían vigilado al duque de Braganza, pretendiente al trono, que se alzó con el poder con el nombre de Juan IV. La defensa de la unión por parte de la Monarquía hispánica consistió en unos pocos combates e incursiones del otro lado de la frontera en torno a Badajoz.