Una de las medidas más polémicas del reinado de Felipe III fue la expulsión de los moriscos. La conquista de los territorios de Al-Andalus, que culminó con la toma de Granada por los Reyes Católicos, tuvo como consecuencia que en los reinos cristianos del Norte viviera un número considerable de musulmanes. Se les llama mudéjares hasta la época de los Reyes Católicos, y a partir de ese reinado se les denomina como moriscos.

Aunque en las capitulaciones para la entrega de Granada, el rey Boabdil había conseguido de los Reyes Católicos que los musulmanes que vivían en ese reino pudieran seguir practicando la religión islámica, pasados diez años, en 1502, se les obligó a convertirse al cristianismo. Con resistencia, los musulmanes fueron abandonando su religión, para formar un numeroso grupo que practicaba la religión cristiana en público, pero probablemente mantenía el Islam en privado, como probablemente hacían también los judíos expulsados mucho antes.

El 9 de abril de 1609 el rey Felipe III dio la orden de que los moriscos del reino de Castilla abandonaran el territorio peninsular. Unos meses después, en setiembre de 1609 se dio el bando de expulsión de los moriscos del reino de Valencia, y meses más tarde, en abril de 1610 se dio la orden de expulsión de los moriscos de Aragón y Cataluña. Se culminaba así un proceso que iba a expulsar a 300.000 súbditos de la Monarquía Hispánica.

Las causas fueron de orden estratégica probablemente, es decir, para evitar las incursiones de los piratas que atacaban las costas de Levante y que se sospechaba recibían apoyos de los moriscos hispanos. A eso, que solo harían unos pocos, se añadiría una animadversión contra esos súbditos, aunque no fuera compartida por todos. Los dueños de huertas en las que trabajaban los moriscos temían perder a unos súbditos trabajadores (un refrán decía: el que tiene moro tiene oro), y que sin ellos las huertas se quedarían sin trabajar, lo que traería solo pérdidas económicas. Mucho se ha debatido sobre esas pérdidas económicas producidas por la expulsión, y parece evidente que fueron considerables en los reinos en los que constituían una parte importante de la población (más de un 25 %) como en Aragón y Valencia. La pérdida fue menor en el reino de Castilla al haber una población morisca mucho menor.