La II Guerra Mundial estalló en septiembre de 1939, cinco meses después de la victoria de Franco. El régimen mostró su simpatía por los países del Eje, sin entrar abiertamente en la guerra. Se pueden establecer tres fases:

1. Al iniciarse el conflicto, Franco declaró la neutralidad, a pesar de su cercanía a los países del Eje.
   
   
2. En junio de 1940 (tras la caída de Francia y la entrada en la guerra de Italia) proclamó la no beligerancia favorable al Eje. El 23 de octubre se entrevistó con Hitler en Hendaya para tratar las condiciones de entrada en la guerra. Franco puso condiciones que le parecieron excesivas a Hitler: ayuda militar y económica, recuperación de Gibraltar y posesiones en el norte de África (a costa de Francia).
   
   Cuando Alemania invadió la URSS en junio de 1941, Franco envió la División Azul para luchar en el frente ruso. En total participaron 47.000 voluntarios.
   
   En septiembre de 1942 sustituyó a Serrano Súñer en el Ministerio de Exteriores por el general Gómez Jordana, menos favorable al Eje.
   
   
3. En octubre de 1943, ante la previsible derrota alemana, volvió a la neutralidad. Retiró la División Azul y trató de mejorar sus relaciones con los países aliados.