Cuando el nuevo rey Fernando VII entró en Madrid, las tropas de Murat se encontraban ya en la capital imponiendo su voluntad a la familia real española. Fernando destituyó a los partidarios de Godoy, pero todos esperaban el apoyo final de Napoleón, nuevo árbitro de la situación. Tras dejar una Junta de Gobierno en Madrid, el rey y su padre acudieron a la convocatoria de Bonaparte en Bayona. Allí, en mayo de 1808, Fernando VII y Carlos IV renunciaron al trono de España a cambio de suculentas rentas y una vida cómoda en Francia.

Napoleón nombró rey de España a su hermano José, hasta entonces rey de Nápoles, y convocó en Bayona a los representantes de la nobleza, del clero y de las ciudades para prestar juramento de fidelidad a José I. El 6 de julio estos representantes votaron un texto legal, la Constitución de Bayona, en la que se proclamaba por primera vez en España la libertad de imprenta, se instituía en la primacía del poder civil y se abolía el uso de la tortura en el procedimiento judicial. Esto suponía el primer intento de acabar con el Antiguo Régimen en España e iniciar un sistema liberal.

La alarma por la salida de la capital de la Casa Real y los rumores sobre la partida forzosa de los últimos miembros de la familia, produjeron un alboroto en las puertas del palacio real el 2 de mayo de 1808. Murat ordenó disparar contra los amotinados y las luchas callejeras se extendieron por Madrid. El ejército español no intervino, salvo los capitanes Daoíz y Velarde que, desobedeciendo las órdenes, sublevaron las fuerzas del Parque de Artillería. Los más de 30.000 veteranos franceses sofocaron la resistencia al final del día y fusilaron más de un centenar de prisioneros en la Moncloa y otras zonas de la ciudad. El alcalde de Móstoles, Andrés Torrejón, declaraba la guerra a los franceses, acto que sería imitado por multitud de ciudades españolas.