El Modelo atómico nuclear significó un avance espectacular en nuestra visión de la estructura de la materia, y sin embargo chocaba con alguna de las ideas de la física clásica.

Una de ellas consiste en que, según el electromagnetismo clásico, una carga acelerada debe radiar energía contínuamente. Como el electrón es una partícula cargada, y el movimiento circular es acelerado, el electrón debería estar radiando energía de forma contínua, lo cual no se observa. Además esta energía radiada se liberaría a costa de la energía cinética del electrón que, de esta manera, debería ir reduciendo el radio de su órbita hasta colapsar con el núcleo. Según esto, la materia tal como la conocemos no es posible.

La siguiente escena representa la predicción del electromagnetismo clásico para una carga acelerada como el electrón del Modelo atómico nuclear

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La segunda objeción que se plantea a la validez del Modelo atómico nuclear está relacionada con la emisión de radiación desde los átomos.

En este sentido, la existencia de espectros de emisión a rayas, producidos por lámparas de gases incandescentes, sugiere que que los electrones sólo pueden situarse en un conjunto de órbitas concretas. En cambio, el modelo atómico de Rutherford no pone ninguna restricción a las órbitas que puede ocupar los electrones en su movimiento alrededor del núcleo, esto significa que la radiación emitida desde los átomos debería ser continua, en contra de la existencia de la existencia de los espectros discontinuos descritos.