El modelo atómico que surge del análisis de las experiencias descritas consiste en suponer al átomo formado por dos partes bien diferencias:

• El núcleo,donde se aloja la carga positiva, es decir, los protones, y la casi totalidad de la masa del átomo. El tamaño de este núcleo es aproximadamente la diezmilésima parte del átomo.

• La corteza, formada por electrones, que giran a alrededor del núcleo de forma similar a un sistema planetario de tal forma que, en un átomo neutro, el número de electrones debe compensar eléctricamente la carga del núcleo.

Hoy sabemos que la carga positiva del núcleo es proporcionada por el número de protones que contiene. Este hecho fue comprobado por Henry Moseley, ayudante de Rutherford, el cual demostró experimentalmente en 1913, analizando los rayos X emitidos por los átomos de diferentes elementos, la existencia de partículas con carga positiva en el núcleo de los átomos. El número de cargas positivas que existen en el núcleo es precisamente el utilizado para ordenar los diferentes elementos de la tabla periódica.