Así, a diferencia de lo que había ocurrido con la filosofía griega, que había centrado su reflexión en torno a la determinación del objeto, la filosofía medieval centrará su interés en Dios. La filosofía helenística había dado una orientación práctica al saber, dirigiéndolo hacia la felicidad del hombre. Es el caso del estoicismo y del epicureísmo, que habían colocado a la ética en el vértice del saber.

A lo largo de los primeros siglos de nuestra era, la progresiva expansión del cristianismo y otras religiones mistéricas irá provocando la aparición de otros modelos de felicidad o "salvación individual", que competirán con los modelos filosóficos.

Frente a la inicial hostilidad hacia la filosofía manifestada por algunos de los primeros padres apologistas cristianos, sus continuadores encontrarán en la filosofía, especialmente a partir del desarrollo del neoplatonismo de Plotino, un instrumento útil, no sólo para combatir otras religiones o sistemas filosóficos, sino también para comprender, o intentar comprender, los misterios revelados. Surge de ahí una asociación entre filosofía y cristianismo o, más en general, entre filosofía y religión, que pondrá las bases de la futura filosofía medieval, entre los cristianos, los musulmanes y los judíos. El tema fundamental de reflexión pasará a ser la divinidad, quedando subordinada la comprensión e interpretación del mundo, del hombre, de la sociedad, etc. al conocimiento que se pueda obtener de lo divino. Por consiguiente, las preocupaciones más constantes en la filosofía medieval son las que se centran en la cuestión de la naturaleza y propiedades de Dios y de la relación entre Dios y el mundo en tanto que creador. En este aspecto, es importante la noción de caritas, la cual no sustituye a la de logos, pero la modifica esencialmente.

Durante los siglos XI-XIII, las principales controversias que vertebraron el pensamiento medieval fueron las relaciones entre razón y fe, así como el problema de los universales:

La fe, que suministra las creencias a las que no se puede renunciar, tratará de entrar en diálogo con la razón. La inicial sumisión de la razón exigida por la fe, dejará paso a una mayor autonomía propugnada, entre otros, por Santo Tomás de Aquino, que conducirá, tras la crisis de la Escolástica, a la reclamación de la independencia de la razón con la que se iniciará la filosofía moderna. Por otra parte, el realismo (trascendente o inmanente), el nominalismo y el conceptualimo fueron corrientes que surgieron como respuesta a la cuestión acerca de los universales.

No obstante, las anteriores caracterizaciones no hacen la debida justicia a la complejidad de la filosofía medieval. Así, por ejemplo, existen ciertos movimientos de la filosofía medieval (especialmente en el dominio de la filosofía natural), análisis y especulaciones que pueden ser considerados como una anticipación del pensamiento científico moderno. En este sentido, la crítica que se hizo de la física aristotélica y su concepción del movimiento fue decisiva para los posteriores inicios de la ciencia renacentista y barroca. Así, las soluciones de los físicos nominalistas (Buridán, Oresmes, Alberto de Sajonia) situaron a la mecánica en el camino de la ciencia moderna. También existen numerosos e importantes desarrollos en ámbitos como la lógica, la semiótica, etc. De todos modos, la filosofía medieval es un pensamiento en el que predominan los intereses "ontológicos" sobre los "gnoseológicos.

Finalmente, y en lo que se refiere a la filosofía medieval, destacamos algunos de sus filósofos más significativos: siglo IX: Juan Escoto Erigena; siglo X: Alfarabi; siglo XI: Avicena, Avicebrón, San Anselmo, Roscelino; siglo XII: Abelardo, San Bernardo, Pedro Lombardo, Averroes, Maimónides: siglo XIII: Alejandro de Hales, San Alberto Magno, Rogelio Bacon, Pedro Hispano, San Buenaventura, Santo Tomás de Aquino, Sigerio de Brabante, Ramón Llull, Maestro Eckhart, Juan Duns Escoto; siglo XIV: Nicolás de Autrecourt, Juan Ruysbroek, Guillermo de Ockham, Juan Buridán, Nicolás de Oresme.