Las fuentes de la síntesis tomista: La filosofía de Santo Tomás es tributaria de una larguísima tradición histórica. En algún sentido puede decirse que el tomismo nace de la confluencia de las grandes corrientes de pensamiento que cruzaron la antigüedad y el medievo: platonismo y aristotelismo, helenismo y arabismo, paganismo y cristianismo, sin olvidar otras corrientes secundarias, como la filosofía hebrea. Habiendo nacido en un momento histórico bien concreto y teniendo el sello cristiano medieval, el pensamiento de Tomás de Aquino es un pensamiento esencial y dialogante. No le importó enfrentarse a los prejuicios de su tiempo y se mostró siempre abierto a toda aportación valiosa, dando acogida a toda partícula de verdad, sin importarle que ésta procediera de filósofos paganos, griegos, hebreos o musulmanes. Ese era el auténtico espíritu de Tomás de Aquino y, probablemente, una de sus más valiosas herencias. Su obra constituye un esfuerzo por integrar en un sistema simple, pero coherente, el legado de sus antecesores. En este sentido, conviene señalar que su pensamiento no es la simple suma de elementos de sus predecesores, sino que constituye un sistema propio cuya nota distintiva y original es su noción filosófica del ser, la cual recorre y vertebra el conjunto de su pensamiento.

Razón y fe: Santo Tomás de Aquino replanteará la relación entre la fe y la razón, dotando a ésta de una mayor autonomía. El punto de partida externo de la filosofía de Santo Tomás fue la necesidad de distinguir la razón de la fe, y también la de ponerlas de acuerdo.

La teoría del conocimiento: Santo Tomás no se ocupó específicamente de desarrollar una teoría del conocimiento, del modo en que se ocuparán de ello los filósofos modernos. Al igual que para la filosofía clásica, el problema del conocimiento se suscita en relación con otros problemas en el curso de los cuales es necesario aclarar en qué consiste conocer. En el caso de santo Tomás esos problemas serán fundamentalmente teológicos y psicológicos. Por ser el hombre punto de intersección entre lo meramente corporal y lo espiritual, su modo peculiar de conocer tiene una doble vertiente: por una parte, gracias a su cuerpo, el hombre parte de los sentidos para adquirir conocimiento; pero por otra, gracias a su intelecto, el hombre puede abstraer de las cosas sensibles sus formas o esencias inteligibles, y remontarse así al mundo espiritual. El proceso del conocimiento se da bajo la cooperación estrechísima de alma y cuerpo.

Una metafísica del ser: La mayor parte de la metafísica tomista procede de Aristóteles, pero la necesidad de conciliar el aristotelismo con el cristianismo le llevará a introducir una nueva estructura metafísica, utilizada ya por Avicena, y que constituye uno de los aspectos más originales de su filosofía: la distinción entre "esencia" (essentia) y "ser" (esse). También recurrirá a las teorías platónicas de la participación, de la causalidad ejemplar y de los grados del ser. Analogía, causalidad y participación vertebran y configuran su metafísica del ser.
. La existencia de Dios: La existencia de Dios no es evidente para el hombre, por lo que necesita ser racionalmente demostrada. Tomás de Aquino lleva a cabo dicha demostración a través de cinco vías o caminos que son argumentos "a posteriori": parten de las criaturas como efectos y se remontan a Dios como Causa a través de la analogía y la causalidad. Las vías tienen una estructura parecida: el punto de partida es un hecho de experiencia que es considerado metafísicamente; aplicación de la causalidad al punto de partida; imposibilidad de proceder al infinito en la serie de las causas; como término final se concluye la existencia de Dios bajo una formalidad concreta. En este sentido: la primera vía parte de la experiencia del movimiento y llega a Dios como Primer Motor Inmóvil; la segunda vía parte de la experiencia de la causalidad eficiente, y concluye la existencia de Dios como Primera Causa Incausada; la tercera vía parte de la generación y corrupción, y culmina en Dios como Ser Necesario por sí mismo; la cuarta vía tiene su punto de partida en los diferentes grados de perfección que encontramos en los entes y llega a Dios como Ser sumamente perfecto, Acto Puro o Ser por esencia; finalmente, la quinta vía, parte de la experiencia de la finalidad de las cosas y llega a la existencia de Dios como Inteligencia ordenadora del mundo.
La esencia de Dios: Dios es incomprehensible, en cuanto que su esencia trasciende o excede la limitación del entendimiento humano. Pero, a pesar de que nuestra inteligencia no pueda abarcar toda la realidad divina, Dios sí que puede ser conocido por el hombre: es cognoscible. Para Santo Tomás, nuestro conocimiento de Dios tiene un carácter analógico cuyo fundamento es la analogía ontológica que se establece entre Dios y las criaturas. El nombre más propio de Dios es el de Ipsum Esse Subsistens (Mismo Ser Subsistente), que constituye su constitutivo formal o atributo fundamental del que se derivan todos los demás.
. La creación y el orden: La creación no debe entenderse, en Santo Tomás, como una emanación de Dios ni como una necesidad suya: Al igual que el resto de los filósofos medievales tributarios de la tradición cristiana Santo Tomás afirmará la creación "ex nihilo" (de la nada); es decir, la creación del mundo mediante un acto de Dios totalmente libre, radical y originario. Santo Tomás ofrece una visión jerárquica y piramidal de la realidad creada. La jerarquía de los seres vendrá dada por la mayor o menor simplicidad de estos, es decir, por su mayor o menor cercanía al puro ser de Dios.

El hombre, cuerpo y alma: La doctrina tomista acerca del hombre difiere de la agustiniana y se fundamenta en la concepción aristotélica, la cual tratará de conciliar con creencias básicas del cristianismo como son la inmortalidad del alma y la creación. En línea con el hilemorfismo, afirma que el hombre está compuesto de materia y forma. La unión entre alma y cuerpo no es accidental, sino sustancial. El hombre es un compuesto sustancial de alma y cuerpo, representando el alma la forma del cuerpo. El cuerpo constituye el principio de individuación; el alma le da al hombre su condición en cuanto tal. Frente a la afirmación de algunos de sus predecesores de que existen en el hombre varias formas sustanciales, como la vegetativa y la sensitiva, Santo Tomás afirma la unidad hilemórfica del hombre: el ser humano constituye una unidad en la que existe una única forma sustancial, el alma racional, que informa inmediata y directamente a la materia prima constituyendo el compuesto "hombre". Desaparecen así el alma vegetativa y sensitiva, pero no la racional, que tiene ser en sí misma. Cada alma humana es creada individualmente por Dios. La subsistencia e inmaterialidad del alma son las características esenciales del alma, a partir de las cuales demuestra su inmortalidad. Por otra parte, también cabe destacarse que Tomás de Aquino considera al hombre como persona: adopta la definición de Boecio de persona como "substancia individual de naturaleza racional" que concibe como "lo subsistente en la naturaleza racional".

La Ética: Tomás de Aquino concibe la ética como la ciencia que considera el orden que la razón humana introduce en los actos de la voluntad. Dicho orden se establece con vistas al fin último de la vida humana; viene expresado por ley moral, y se realiza a través de las virtudes morales.

La teoría política: La filosofía jurídica y política de Santo Tomás se desarrolla en torno a la idea de la justicia legal recibida de Aristóteles y el concepto agustiniano del orden. Probablemente una de sus más importantes aportaciones al pensamiento político sea la formulación y explicitación de su célebre definición de la ley como "disposición de la razón para el bien común promulgada por quien tiene el cuidado de la comunidad".