Las fuentes naturales de contaminación, suelen ser lugares de la corteza terrestre ricos en ciertos elementos contaminantes como el hierro, el mercurio o algún elemento radiactivo.

Otra fuente de contaminación natural son las fugas de petróleo de los yacimientos submarinos a través de grietas.

Las lluvias torrenciales y los desprendimientos de tierra de las laderas de las montañas también son fuentes de contaminación natura,l ya que aumentan la concentración de materiales en suspensión.