Las instituciones de gobierno continuaban, es decir, se mantenían las instituciones existentes al subir al trono los monarcas, que en algunas introducían modificaciones. Consejo Real, Audiencia Chancillería eran las tres más importantes, perdiendo fuerza las Cortes a favor del Consejo Real. Las modificaciones consistieron en ocasiones en pasar responsabilidades de unas instituciones a otras. Por ejemplo, la resolución de ciertas disputas legales se pasó del Consejo a la Chancillería. Se crearon dos chancillerías una en Valladolid y otra en Ciudad Real (después trasladada a Granada).

Junto a estas instituciones del poder central, los reyes introdujeron o modificaron otras instituciones que les ayudaran a controlar a sus súbditos. Entre esas instituciones hay que incluir las relacionadas con el poder municipal, el poder religioso y el poder de policía.

Poder municipal. En lo referente al poder municipal, los Reyes Católicos consolidaron un oficial que les representara en los gobiernos locales, el corregidor. Este oficial existía con anterioridad y se había instaurado en ciudades o villas en los que había problemas de difícil solución por los oficiales municipales. Ese funcionario esporádico, enviado por los reyes con intención de poner paz en tiempo turbulentos, se convirtió en un oficial regular, que permitía a los reyes entrometerse en la política local.

Poder religioso. En lo referente a la política religiosa, la gran institución introducida en Castilla por los Reyes Católicos, fue el tribunal de la Santa Inquisición desde 1478. En Aragón había venido actuando la Inquisición pontificia iniciada en el siglo XIII, pero los reyes castellanos no la habían aceptado. Los Reyes Católicos, en su proceso de unificación y purificación del catolicismo, instauraron la Inquisición con un sentido diferente al que había tenido la pontificia. Si ésta se dedicaba a castigar herejes, la nueva Inquisición se ocupaba de los falsos conversos. Los judíos o musulmanes que practicaban abiertamente su religión no eran perseguidos, lo eran aquellos que habiéndose hecho cristianos seguían practicando su religión en secreto (criptojudíos).

Poder de la policía. La política encaminada a poner orden en el reino llevó a los reyes a crear la Santa Hermandad, que nacida para luchar contra la delincuencia que asolaba Castilla durante la guerra entre Isabel y Juana, se convirtió en un ejército real privado, pagado por las ciudades, que en ocasiones protestaban de los altos costos que suponía. La iniciativa partió de las ciudades que propusieron crear hermandades en cada ciudad o villa, y su unión en una hermandad general. El objetivo inicial fue perseguir y acabar con los asaltos de caminos, con los robos y homicidios. Siguió cumpliendo su misión de pacificación interna, pero los reyes la utilizaron, como un auténtico ejército, para la persecución de disidentes políticos, en la conquista de Canarias y en la de Granada.