La mayoría de elementos no metálicos (salvo el carbono o el silicio) se presentan en forma de moléculas, que son agrupaciones discretas de átomos.

En su mayoría, son moléculas diatómicas, es decir, compuestas por dos átomos del mismo elemento y se presentan en estado gaseoso o líquido o incluso formando sólidos, pero blandos. En este caso, ambos átomos ni ceden, ni aceptan electrones, sino que los comparten.

Para formularlos se escribe el nombre del elemento y, como subíndice, el número de átomos de la molécula. Para nombrarlos se escribe el nombre del elemento, precedido (es opcional) por un prefijo griego que indica el número de átomos de la molécula.

El yodo es uno de los pocos elementos con estructura molecular que se presenta en estado sólido, aunque es un sólido blando.