España también entró en la estrategia de conquista del Emperador de los franceses, Napoleón. Visto el espectáculo ofrecido por la monarquía española ante los ojos de Europa y las disputas acaecidas entre padre e hijo por el control del trono (Conspiración de El Escorial) y consciente de la debilidad militar española, manifiesta tras la Batalla de Trafalgar, Napoleón puso en marcha su plan.

Su estrategia pasó primero por una ocupación militar y posteriormente por la sustitución de la monarquía borbónica en la figura de su hermano José Bonaparte, rey de Nápoles. El artífice y pieza clave de esta alianza con Francia fue el primer ministro Godoy, primero con la firma de la Paz de Basilea y el Tratado de San Ildefonso, y más tarde con la firma del Tratado de Fontainbleau.

Napoleón buscó una alianza con España para invadir Portugal y arruinar de este modo el comercio británico, y así se realizó. La debilidad militar española era manifiesta y tras el cruce de la frontera de las tropas francesas Napoléon decidió incluir España a su territorio. Su pretensión tras emplazar a su hermano en el trono fue la de gobernar el territoro mediante una carta otorgada conocida como Constitución de Bayona.