La duda metódica es una exigencia del método cartesiano según la primera regla, pues lo primero que se requiere para que una proposición sea verdadera y cierta es que sea enteramente indudable. Se encuentra con una verdad indubitable que pasará a ser el primer principio de su filosofía: "Cogito, ergo sum" ("Pienso, luego existo"). Esa es la certeza que él cree firme y sobre la cual va a cimentar el edificio de su filosofía: ha descubierto la primera verdad y, al mismo tiempo, el criterio de evidencia de toda verdad, ya que únicamente admitirá aquello que se presenta "clara" y "distintamente", al modo como se presenta el "cogito". En este sentido, Descartes admitirá la existencia de otras ideas innatas, que también son claras y distintas. Éstas son: el yo que piensa (el alma), el ser infinito y perfectísimo (Dios), la realidad externa (mundo).

Para Descartes, existen tantas sustancias como ideas claras y distintas puede concebir nuestra mente. Así pues, la substancia es el sujeto inmediato de cualquier atributo del que tengamos una idea real. Existen, por consiguiente, tres substancias: Dios o la substancia infinita y necesaria (res cogitans infinita), la substancia pensante (res cogitans) y la sustancia extensa (res extensa). Cada sustancia tiene un atributo esencial: pensamiento (res cogitans), perfección (Dios), extensión (res extensa). Los atributos esenciales se identifican con la sustancia.

La antropología cartesiana es dualista: no puede existir unión substancial en el hombre debido a la heterogeneidad de las dos sustancias que lo componen. El hombre no es una sustancia compuesta de otras dos incompletas, sino enteramente completas. En definitiva, tratándose de dos substancias separadas, el cuerpo no es más que una máquina acoplada al espíritu; o, si se prefiere, la relación de la mente al cuerpo es análoga a la que existe entre el piloto y la nave.

Este dualismo cartesiano constituirá uno de los grandes puntos de discordia entre sus críticos y partidarios.

Descartes pretendía que la aplicación de su método, en el proyecto de unificación de las ciencias y construcción de una ciencia universal, culminase con la elaboración de una ciencia moral, racionalmente fundada. Sin embargo, únicamente tuvo tiempo para formular una moral provisional.

Descartes no sólo fue un innovador de la filosofía, sino también el primero en aplicar las matemáticas a las ciencias físicas, y el iniciador moderno de la concepción mecanicista de la naturaleza. Las reacciones hacia las doctrinas de Descartes se hicieron notar inmediatamente. Ya durante su vida se formularon varias objeciones a puntos básicos de su doctrina (Hobbes, Arnauld, Gassendi, etc.). Pero, tanto materialistas como idealistas, han encontrado apoyo para sus ideas en Descartes. Unos y otros han visto en él al primer filósofo moderno, impulsor de la subjetividad racional, al concebir el hombre como razón. De hecho, sus ideas dominaron en el mundo hasta dos siglos después de su muerte. A partir de Descartes, el pensamiento moderno tomará como punto de partida el ser mental o el pensamiento del ser, pero no el acto de ser de las cosas reales.

Al hombre le interesa formar una sociedad civil que le ayude a preservar sus libertades y derechos ya que es necesaria una ley escrita para definir la ley natural y dirimir las controversias, es conveniente que haya un sistema judicial que goce de reconocimiento general y que juzgue imparcialmente y también es necesario un sistema punitivo reconocido por todos que castigue los crímenes.

Pero, el Estado, fruto de estas necesidades tiene un fundamento racional: el consentimiento de los que forman parte de la sociedad política.

Mediante el consentimiento los hombres no renuncian a su libertad, simplemente la restringen renunciando a sus poderes legislativos y ejecutivos que les pertenecían de forma absoluta en el estado de naturaleza. Dichos poderes se delegan en la sociedad a la que se autoriza a elaborar las leyes que requiera el bien común y le deja el poder de poner en vigor esas leyes y determinar la sanción que acarrea su no cumplimiento. El sentido de esta restricción es poder gozar con más seguridad de su libertad.

El objeto del estudio de las pasiones es la fundamentación de la moral. La moral, no tiene un fundamento racional, sino sentimental. Pero salva la objetividad de la ética. La ética es igual para todos porque las verdades morales se asientan en un sentimiento común de placer o dolor frente a lo mismo (humanidad). Éste es el que fundamenta la moral y el que debe regular la vida moral de cada individuo, que deberá subordinar sus pasiones violentas a ésta pasión tranquila.