Descartes ha sido considerado como "padre de la Filosofía Moderna". La clara definición de sus fines y la amplitud de su proyecto son rasgos característicos del pensamiento cartesiano. En síntesis, el proyecto cartesiano propugna la unidad de todas las ciencias, que dependen de un único método obtenido a partir del modelo que ofrecen las matemáticas. Descartes consagra la razón como fuente principal de conocimiento y seguro criterio de verdad. Sobre tales principios racionalistas apoya, a su vez, su método que será, a un mismo tiempo, punto de arranque y meta de su filosofía. En este sentido, Descartes hace del método matemático el método de todo lo real: substituye la complejidad de lo real por las ideas claras y distintas. Las ideas serán los modelos a los que debe ajustarse la realidad, o bien serán la misma realidad. De esta manera, el pensamiento será la condición del ser y el "cogito" será el principio o punto de partida del que se deducirá todo lo real.
Descartes concibe el método como un camino seguro que nos llevará a un conocimiento perfecto, proporcionándonos certeza y evidencia, pues "toda ciencia es un conocimiento cierto y evidente". Así pues, entiende el método como un conjunto de reglas ciertas y sencillas (la evidencia, análisis, síntesis y enumeración) que impiden tomar jamás un error por una verdad.
La duda metódica es una exigencia del método cartesiano según la primera regla, pues lo primero que se requiere para que una proposición sea verdadera y cierta es que sea enteramente indudable. Su talento matemático y su espíritu racionalista le llevaron a la idea de deducir todo su sistema a partir de unas pocas y evidentes verdades. Para ello adopta como instrumento dudar de todo y, en ese proceso, se encuentra con una verdad indubitable que pasará a ser el primer principio de la filosofía: "Cogito, ergo sum" ("Pienso, luego existo").
Descartes encuentra una primera certeza, el cogito, que representa la conciencia de sí del sujeto pensante: es la primera verdad que se presenta intuitivamente al espíritu cuando duda. He ahí la certeza que él cree firme y sobre la cual va a cimentar el edificio de su filosofía: ha descubierto la primera verdad y, al mismo tiempo, el criterio de evidencia de toda verdad. Descartes no admite como verdadera cosa alguna que no sea evidente que lo es. De este modo quiere evitar la precipitación y la prevención, no admitiendo en el juicio más que lo que se presenta clara y distintamente, al modo como se presenta el "cogito, ergo sum" ("Pienso, luego existo).
En este sentido, Descartes admitirá la existencia de otras ideas innatas, que también son claras y distintas. Éstas son: el yo que piensa (el alma), el ser infinito y perfectísimo (Dios), la realidad externa (mundo). Para Descartes, existen tantas sustancias como ideas claras y distintas puede concebir nuestra mente. Así pues, la substancia es el sujeto inmediato de cualquier atributo del que tengamos una idea real. Existen, por consiguiente, tres substancias: Dios o la substancia infinita y necesaria (res cogitans infinita), la substancia pensante (res cogitans) y la sustancia extensa (res extensa). Ahora bien, lo que percibimos no son las substancias como tales, sino atributos de substancias. Un atributo es aquello por lo cual una sustancia se distingue de otra y es pensada por sí misma. Los atributos dependen de la sustancia y son inmutables. El atributo esencial constituye la naturaleza de una sustancia. Cada sustancia tiene un atributo esencial: pensamiento (res cogitans), perfección (Dios), extensión (res extensa). Los atributos esenciales se identifican con la sustancia.
El pensamiento cartesiano se incluye en el contexto mecanicista: admisión exclusiva de la cantidad, el número, el movimiento local. Se excluye cualquier otro tipo de fuerzas que no sean las mecánicas, es decir, las productoras del movimiento, así como se niega la finalidad. Descartes aplica el mecanicismo a la vida de los vegetales y animales, que considera como meros autómatas sin conciencia. A ello se ve abocado por su estricta separación entre la res cogitans y la res extensa. Por consiguiente, en el caso del hombre no se da unión sustancial, porque los atributos de las dos sustancias que lo componen son distintos entre sí. El hombre no es una sustancia compuesta de otras dos incompletas, sino enteramente completas. En definitiva, tratándose de dos substancias separadas, el cuerpo no es más que una máquina acoplada al espíritu; o, si se prefiere, la relación de la mente al cuerpo es análoga a la que existe entre el piloto y la nave. Descartes intenta explicar la mutua interacción entre ambas substancias a través de los "espíritus vitales o animales", que circulan en la sangre. Estos transmiten a la glándula pineal, donde se aloja el alma, los mensajes extraídos del cuerpo, de la misma forma que también ellos transmiten los mandatos del alma a los diferentes órganos corporales. Este dualismo cartesiano constituirá uno de los grandes puntos de discordia entre sus críticos y partidarios.
Descartes pretendía que la aplicación de su método, en el proyecto de unificación de las ciencias y construcción de una ciencia universal, culminase con la elaboración de una ciencia moral, racionalmente fundada. Sin embargo, únicamente tuvo tiempo para formular una moral provisional
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