Desde el comienzo de la filosofía moderna se produjo un cambio formal en la concepción de la metafísica. Estos cambios culminaron en la separación real entre la doctrina del ser y la doctrina de Dios que tiene lugar en Ch. Wolff, al dividir las ciencias filosóficas e identificar la metafísica con la filosofía teorética, en contraste con la ética como filosofía práctica, y al distinguir una Metafísica general y una Metafísica especial. La Metafísica general, llamada también "ontología", no era una investigación temática sobre el ser, sino únicamente una axiomática formal ontológica, o una teoría de los principios. La Metafísica especial la dividió Wolff en tres ramas, llamadas "cosmología", "psicología" y "teología natural". Esta división resultó novedosa en el doble aspecto de la ampliación del concepto de metafísica, que ahora abarcaba también cosmología y psicología, y la separación de ontología y teología, hasta entonces unidas en la metafísica. Así pues, a partir de Wolff la metafísica dejará de ser doctrina del ser y se convertirá en teoría de los principios del conocimiento. Esta metafísica racionalista es la que conoce Kant y la que presupone cuando en la Critica de la razón pura plantea la pregunta: ¿cómo es posible la metafísica como ciencia?.

En la Crítica de la razón pura, Kant afronta el problema del conocimiento científico, su validez o invalidez, para tratar de concretar si es o no posible la metafísica, pues considera que las elucubraciones anteriores carecen de un fundamento sólido. La pregunta por la posibilidad de la metafísica condujo a Kant a la pregunta acerca de la posibilidad del conocimiento universal y necesario, que no es realizable ni en juicios analíticos a priori (racionalismo) ni en juicios sintéticos a posteriori (empirismo), sino únicamente en juicios sintéticos a priori. Kant advierte que sólo habrá certeza absoluta válida para la ciencia si se dan juicios sintéticos a priori. La pregunta que se sigue es: ¿cómo son posibles los juicios sintéticos a priori? A esta pregunta dará respuesta, en las distintas partes de la Crítica de la razón pura: Estética trascendental, Analítica trascendental y Dialéctica trascendental.

En la Estética trascendental, Kant investigará los fundamentos de la matemática; en la Analítica trascendental, los de la ciencia natural (Física); en la Dialéctica trascendental (parte de la Lógica trascendental que está reservada a la crítica del uso extra-experimental de la razón, de cuya legitimidad depende la metafísica) indagará el fundamento trascendental de la Metafísica y se preguntará si es posible como ciencia. La Dialéctica comprenderá el tratamiento de la Ontología, la Psicología, La Cosmología y la Teología. Todo ello es pensable, pero no es cognoscible (Ser, alma, mundo y Dios):

. El "yo" no nos aparece nunca como es en sí, sino como un yo fenoménico. Del "yo" puro nada sabemos, sino que es condición necesaria del conocimiento. No sabemos ni si es espiritual, ni si es inmortal: Todos los argumentos de la psicología racional son paralogismos. El concepto de alma es sólo regulativo, ya que nos ayuda a pensar como unidas todas las actividades de la conciencia.
. La idea cosmológica unifica todos los fenómenos externos, pero si queremos profundizar en dicha idea, caemos en contradicciones y antinomias irresolubles. El "mundo" es una idea, un símbolo, principios reguladores que nos permiten "pensar" el "mundo" como si las condiciones cosmológicas se dieran.
. La idea de Dios es la suprema y última razón de unidad. Dios es una hipótesis necesaria para aquietar a la razón, una condición subjetiva del pensar, que se cambia erróneamente en condición objetiva de las cosas mismas. Todos los argumentos acerca de la existencia de Dios son ilusorios. Pero tampoco puede demostrarse su inexistencia: Dios no es un principio constituyente del mundo, sino sólo regulador, una idea: Debemos pensar todas las cosas del mundo como si procedieran de alguna suprema y perfecta causa.

Para que fuera considerada como una ciencia, la metafísica debería estar formada por juicios sintéticos a prior (como las matemáticas y la física). Para Kant, la metafísica no es una ciencia, si bien es una disposición natural: La razón tiende irresistiblemente a plantearse cuestiones que no pueden ser contestadas por ningún uso empírico de la razón, ni por principios sacados de la experiencia. Estos problemas inevitables son los de Dios, la libertad y la inmortalidad, al igual que los que hacen referencia al mundo como totalidad. Estos temas pueden pensarse, pero no conocerse (agnosticismo). Su existencia será tarea de la exigencia moral (postulados éticos y fe práctica religiosa). En síntesis, la metafísica es imposible como ciencia de seres trascendentes. Únicamente existe la teoría de los límites del conocer humano.