El transformismo es un hecho, o más bien, la conclusión ineludible de un conjunto de hechos.
En primer lugar, la existencia de fósiles que nos hace conocer la existencia pasada de especies de las cuales parecen proceder algunas de las existentes. Pero este hecho no es concluyente por sí mismo sino por otro: la existencia de homologías. Parece haber una estructura básica (un patrón) que ha generado órganos semejantes de distintas especies. Otro hecho son las similitudes embriológicas. Hay gran parecido entre los seres en su estado embrionario. Darwin incidió también en las pruebas biogeográficas al encontrar en las islas Galápagos especies de pinzones endémicas. ¿Cómo explicar este hecho? Recurriendo a que hay un tronco común que ha evolucionado de distintas formas. Otro hecho es la presencia en animales de órganos vestigiales, órganos que en ciertas especies no tienen ninguna utilidad pero que aparecen desarrollados con una función determinada. Y, por último, también se aduce la aparición de atavismos. De vez en cuando aparecen "irregularidades" en las especies que parecen como una vuelta al pasado. (Podemos comprobar tales "irregularidades" porque poseemos fósiles).