La aparición en el ámbito cultural grecorromano del Dios del judeo-cristianismo supuso la entrada de nuevos motivos y problemas para la especulación sobre Dios. La tradición religiosa judeo-cristiana y su intención de establecer una síntesis entre la filosofía griega y las tradiciones bíblicas originó un cambio en los presupuestos filosóficos de la cultura helenista y a la vez aportó nuevas ideas que modificarían el esquema de pensamiento de la filosofía griega. Así, la filosofía que se cultivó durante el período patrístico y la Edad Media fue, en gran parte, una filosofía elaborada por cristianos (muchos de ellos clérigos) en función más o menos estrecha de la explicación racional del dogma católico. Desde el siglo VIII también fue importante la filosofía producida por musulmanes y judíos, cuyos intereses también estaban al servicio de principios dogmáticos.

Al pensar conceptualmente el Dios cristiano con los esquemas mentales de la metafísica de Platón, de Aristóteles, del estoicismo y del neoplatonismo, e introducir el concepto de "creación", se generó la teología de los primeros Padres de la Iglesia y, con ella, la primera teología sistemática y especulativa: la de Orígenes. Para Orígenes Dios es uno, simple, inmaterial, inmutable, inefable y perfecto. A partir de Orígenes, la teología cristiana (unas veces de carácter más neoplatónico y otras veces de carácter más aristotélico) se extendió por el mundo siguiendo dos rutas distintas: la oriental y la occidental.

La ruta oriental de la teología cristiana fue la ruta marcada por los Santos Padres griegos y orientales que pasó del mundo helenístico a Oriente, especialmente a Siria, y terminó refugiándose en Persia. Los Padres griegos asumieron la idea más original y originaria del cristianismo: el amor como agape. Por tanto, para los Santos Padres, Dios es una pura acción, un puro amor personal, estático y efusivo.

La ruta occidental de la teología cristiana fue la ruta que marcaron los Padres griegos y latinos. Se desarrolló desde el mundo helenístico y a través de Roma se difundió por el resto de Europa. En este contexto destaca la figura de San Agustín (s. IV), cuyo pensamiento intentó conciliar fe y razón, y se centró en el problema de la verdad que coincide con el problema de Dios. La ascensión agustiniana a Dios toma en consideración tres vías: la que arranca del mundo, la que parte del hombre y la que se apoya en las verdades eternas.

Por otra parte, la mística neoplatónica reapareció en la mística cristiana con la figura de el Pseudo-Dionisio Areopagita: nombre dado al autor de unos escritos (de fines del siglo IV o comienzos del V designados habitualmente con el título de Corpus areopagiticum) que constituyen una de las fuentes más importantes de toda la teología medieval. Según dicho autor, el nombre menos inadecuado para designar a Dios es el de Ser. Es "El que es", y por esta razón es causa de todo ser. Eternamente subsistente en Sí mismo, es Aquel por quien todo lo demás subsiste a título de participación. En tal sentido el ser es la primera participación, fundamento de todas las demás. Su doctrina y textos ejercieron una gran influencia sobre el pensamiento teológico de toda la Edad Media: en Escoto Eurígena, San Buenaventura, Hugo de San Víctor, Ricardo de San Víctor, San Alberto Magno, Santo Tomás de Aquino, el Maestro Eckhart, etc.

Como prolongación de las rutas oriental y occidental, la razón especulativa sobre Dios desembocó en la baja Edad Media europea. Su confluencia en el París de los siglos XI y XII dio lugar a una forma de agustinismo medieval (inspirado básicamente en el neoplatonismo y Avicena), y al tomismo (inspirado preferentemente en la doctrina de Aristóteles y Averroes).
Una de las figuras clave en el pensamiento teológico medieval es, sin duda, Santo Tomás de Aquino. El Aquinate criticó el argumento ontológico de San Anselmo, por considerar que no demostraba la existencia "real" de Dios ya que dicha argumentación realizaba un tránsito ilegítimo del orden ideal al orden real. La base o fundamento de la metafísica de Santo Tomás es el descubrimiento del "acto de ser" que le conduce a la consideración de Dios como "Ipsum Esse Subsistens" (el Ser Mismo Subsistente), es decir, como el Ser por esencia, Causa primera y fuente de todo ser. Sus cinco vías para demostrar la existencia de Dios son "a posteriori": no conocemos la existencia de Dios ni por intuición inmediata ni por demostración "a priori", sino a partir de la consideración de las criaturas como efectos y remontándonos (a través de la analogía y de la causalidad) hasta Dios como Causa (Primera y Final).

Posteriormente, Guillermo de Ockham negó que pudiera darse alguna prueba filosófica cierta que demostrase (más allá de la mera probabilidad) la existencia de Dios. Por otra parte, en el siglo XIV, que fue por excelencia en el Occidente europeo (especialmente en Alemania) el siglo de los místicos, destacó la figura del Maestro Eckhart. Dicho autor se preguntó si en Dios ser y conocer son la misma cosa y, en oposición a las tesis tomistas, sostuvo que Dios no conoce porque es, sino que "es" porque "conoce".